Para diseñar procedimientos de auditoría efectivos, se debe tener un entendimiento claro de estos tipos de procedimientos y cómo se pueden combinar para cumplir con los objetivos de auditoría. Por otra parte, para aumentar la calidad de evidencia de auditoría, el auditor debe seleccionar el procedimiento de auditoría más efectivo.
Por ejemplo: en las cuentas por cobrar el auditor puede decidir que obtiene mayor evidencia con la confirmación de saldos que probando los controles internos sobre la generación de las cuentas por cobrar y cobranzas posteriores.
Debido a que los riesgos valorados diferirán para cada tipo de transacciones, saldos contables e información a revelar el enfoque de auditoría más eficaz variará. Por ejemplo, podría ser adecuado hacer pruebas a los controles sobre la integridad de las ventas y usar procedimientos sustantivos para las otras afirmaciones de ventas. Por otra parte, sobre cuentas a pagar, podría ser aplicable un enfoque sustantivo para todas las afirmaciones. En auditoría, la clave es realizar procedimientos de auditoría que respondan de manera adecuada a los riesgos identificados.